Financovanie ochrany prírody je dlhodobo neudržateľné. Dôvodom je, že do určitej miery je závislé od príjmov z fondov Európskej únie.
Najväčším vlastným zdrojom príjmu Štátnej ochrany prírody (ŠOP) SR je vstupné do jaskýň. Vyplýva to z analýzy Inštitútu environmentálnej politiky (IEP) Národné parky 21. storočia.
Čerpanie z fondov nie je podľa analytikov rovnomerné v čase. Napríklad v roku 2015 šlo na ochranu prírody viac ako 30 miliónov eur. V roku 2017 nedošlo k žiadnemu čerpaniu európskych fondov a preto šlo na ochranu necelých osem miliónov eur.
Pre najbližšie roky sa plánuje financovanie ochrany prírody z nového operačného programu alebo z Plánu obnovy a odolnosti SR. V posledných dvoch rokoch sa zvýšili a zastabilizovali zdroje zo štátneho rozpočtu.
Základom projektového financovania ochrany prírody bol Operačný program Kvalita životného prostredia. Jeho projekty sa zameriavajú najmä na európsku sústavu chránených území. Hlavným prijímateľom financií je štátna ochrana prírody. Alokovaná jej podľa analytikov bola polovica zdrojov v ochrane prírody.
Financie do ochrany prírody nesmerujú len inštitúciám pod envirorezortom, ale aj iným štátnym subjektom ako sú Lesy SR či Lesopoľnohospodársky majetok Ulič, neziskovým organizáciam či súkromným vlastníkom a obhospodarovateľom lesa a pôdy. Štátne podniky časť financií používajú na ochranu živočíchov alebo výkup. ,
Ochrane prírody sa venuje komponent z plánu obnovy, kde je alokovaných 159 miliónov eur. Z toho 77,5 milióna eur bude použitých na financovanie majetkového vysporiadania sa so súkromnými vlastníkmi pozemkov a 16 miliónov eur na projekty mäkkého turizmu pre Národný park Poloniny a Muránska planina. Osobitnou formou kompenzácií sú náhrady za škody spôsobené živočíchmi, ktoré napr. v roku 2019 dosiahli jeden milión eur.
